顕微鏡は使用目的によって、偏光顕微鏡、位相差顕微鏡、金属顕微鏡、電子顕微鏡などがありますが、一般的な顕微鏡は生物顕微鏡と双眼実体顕微鏡です。

生物顕微鏡
理科の実験などで使われる一般的な顕微鏡ですが、使用目的により学習用、研究用などに分類されます。いずれも光が資料を通過して対物レンズに入射する必要がありますので、植物などの資料は薄くスライスして観察します。プランクトンなどの微小動物はそのままホールグラスなどで観察できます。光を通さない立体的なものの観測には向きません。倍率は組み合わせる対物レンズと接眼レンズにより変わりますが、50〜1000倍ぐらいが一般的です。

双眼実体顕微鏡
双眼鏡と同じように接眼レンズと対物レンズが２個づつありますので立体的に観察できます。また資料と対物レンズの間が広くとれるよう設計されていますので電子部品の検査などにも広く利用されています。倍率は20〜100倍程度が標準です。

望遠鏡の倍率は割り算（対物レンズの焦点距離÷接眼レンズの焦点距離）で求められますが、顕微鏡の倍率は掛け求めます。